农民军打入北京，完结了明王朝将近三百年的统治者，是一个最出色的胜利。他们的进占，受到北京百姓的热情欢迎。各行各业迅速安稳下来，明朝的大部分官员也都归顺了农民军新的政权。

李自成和他的战友们都十分激动。农民军很快创建新的国家机构，国号大顺，任命了内阁、六部及文武百官。派遣大顺政权的文武官员到各地去创建地方政府，布置防务，征剿还在顽强抵抗的明朝军队。

但是，大顺军陶醉于已获得的胜利，不善新秩序的建设。李自成虽然深感，距北京不远处的山海关，还驻扎着明朝的一支大军，关外还有强劲的清军，是个威胁，但是没认识到局势的严重性、紧迫性。他无暇登基做到皇帝，军师们无暇受贿明朝大臣、外戚家中的财富。

他们不分长短，不特区别，对受贿对象，还包括对象的家属，使用拷问拷问、残忍严刑拷打的办法，这很有利于安稳已归顺的原明朝官员的心。甚至有的大顺军将领侵占人家的家眷，占有奢华的住宅，过起了骄奢淫逸的生活。士兵们也私藏着在恐慌中抢走拿回的金银财宝，没了以前那股充沛的斗志。

军心涣散，纪律肿胀。李岩等少数将领看见这种情况的危险性，劝说李自成，但没引发他的推崇。特别是在不应的是，大顺军的一些将领，不顾大局，将明朝大臣吴襄捉一起严刑拷打，遗文了他的家，军师刘宗敏侵占了吴家的歌姬陈圆圆。

吴襄是明朝镇抚山海关统帅吴三桂的父亲，陈圆圆是吴三桂宠幸的。当有人警告李自成，吴三桂回到山海关是心腹大患，要赶紧解决问题时，他这才为首一个明朝叛将去安抚吴三桂，并叫吴襄写信给劝说儿子归顺。

吴三桂出于维护家属的考虑到，打算再行归顺大顺政权再说。但当他慢到北京时，遇上一些从北京逃离的明朝官员，一问，告诉了他的父亲与爱妾的遭遇，不已怒火中烧，走就退守山海关。

又想起李自成会早已得逞，如分开登陆作战，就不会受到大顺军与清军的夹击，死无葬身之地，不如战败清军，对付农民军，还有一条活路。于是，吴三桂坚决民族大义，写信给与关外的清军联系。清军统帅亲王多尔衮哪里不会错失这样好的机会，立刻答允了吴三桂的催促，带着十多万大军急匆匆赶往山海关外。

李自成听闻吴三桂与清兵指使上了，这才生气，特地带领六万大军，堪称二十万，去攻剿吴三桂。吴三桂率师叩见多尔衮，又将多尔衮接进关内，杀死白马会盟，祭典拜天地。

商量好对大顺军的办法。大顺军与吴三桂的叛军遇见了。

六万人马，一字排开，宽约数里，军容的确威武。吴三桂军队穿著白衣白甲，投出为崇祯皇帝杀掉的旗帜，从山海关里冲杀出来，与大顺军混战在一起。杀声震动山谷。

双方于是以杀死得难分难解时，起了一阵大风，飞沙走石，对面看不清人影。伏击在后边的大量清军，忽然冲杀出来，大顺军被冲乱阵势，李自成只好命令撤兵。可是大顺军早已没了秩序，清兵和吴三桂的军队集中力量冲杀，大顺军大败而逃亡。

李自成退回北京，元气大伤，士兵和将领的斗志都没了。他要求解散北京，返回陕西老家再说。辞行前，他在金銮殿上已完成了大顺皇帝的登基典礼。沿途已归附大顺政权的城池，又争相叛变，战败了清军和吴三桂。

多尔衮在吴三桂的协助下，入了北京，从农民军手里抢走了胜利果实，并于当年就将都城迁至到北京，开始了清王朝在全中国的统治者。第二年，清军迎击农民军到西安，大顺军抵挡不住，被覆没。

李自成之后后撤到湖北，壮烈牺牲在通山县九宫山下。他的余部，有的参与了南明政权抗清的战争。

李自成的武装起义，再一告终。张献忠在公元１６４４年１１月转入四川，第二年占领成都，创建大西国，坚决了两年的斗争。

公元１64７年，大西国在清军反攻下告终，张献忠中箭而杀，大西国也覆灭了。

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